La actitud de San Martín de retirarse de Perú y dejar a Bolívar para que él solo, enfrente las últimas batallas y logre la Independencia del resto de Perú con la batalla de Ayacucho en 1824, ha sido analizada por numerosos historiadores argentinos, chilenos y peruanos. Muchos de su época, la consideraron derrotista y humillante. No lograron entender la drástica decisión de San Martín. El Instituto Nacional Sanmartiniano de Argentina expresa su pensamiento sobre el tema, en el ensayo Lo esencial de la entrevista de Guayaquil:

“Al término de las conferencias, San Martín le propone a Bolívar ser prudentes y mantener en reserva los resultados de la conversación. ¿Por qué callar? ¿Cuál es la razón del secreto? Es por un noble propósito: se requería guardar silencio para mantener incólume la unidad sudamericana. A juicio de San Martín, los resultados de la entrevista son desconsoladores. La desinteligencia era manifiesta puesto que no se había logrado el acuerdo para que ambos Libertadores terminaran, juntos y prontamente, la guerra de la independencia. San Martín se retira voluntariamente del escenario de sus triunfos. Hace un verdadero sacrificio por amor a América independiente, dejando libre el camino para que Bolívar apresure sus pasos y conquiste la independencia definitiva. El silencio varonil de San Martín no es debidamente comprendido y surge una leyenda de las tinieblas. Se dice que San Martín, vencido por el genio de Bolívar, se ve obligado a emprender el ostracismo. Falsa apreciación de la realidad. Pero importa poco. San Martín sabía que las nuevas generaciones de americanos y la historia juzgarían, con verdad y justicia, su actitud de hombría de bien.”

Dos cartas de San Martín, escritas en años posteriores, dan luces a su actitud tan duramente cuestionada. El 19 de abril de 1827 escribió desde Bruselas a William Miller, general inglés que primero peleó junto a San Martín y luego con Bolívar, escribiendo posteriormente sus memorias sobre las guerras de la Independencia:

“En cuanto a mi viaje a Guayaquil, él no tuvo otro objeto que el de reclamar del general Bolívar los auxilios que pudiera prestar para terminar la guerra del Perú. Auxilios que una justa retribución (prescindiendo de los intereses generales de América) lo exigía por lo que el Perú tan generosamente había prestado para libertar el territorio de Colombia. Mi confianza en el buen resultado estaba tanto más fundada, cuanto el ejército de Colombia después de la batalla de Pichincha se había aumentado con los prisioneros y contaba con 9.600 bayonetas. Pero mis esperanzas fueron burladas al ver que en mi primera conferencia con el Libertador me declaró que, haciendo todos los esfuerzos posibles, sólo podría desprenderse de tres batallones con la fuerza total de 1.070 plazas. Estos auxilios no me parecieron suficientes para terminar la guerra, pues estaba convencido que el buen éxito de ella no podía esperarse sin la activa y eficaz colaboración de todas las fuerzas de Colombia. Así es que mi resolución fue tomada en el acto, creyendo de mi deber hacer el último sacrificio en beneficio del Perú.”

El 11 de setiembre de 1848, en carta a Ramón de Castilla, quien fue Presidente de Perú:

“Yo hubiera tenido la más completa satisfacción habiéndola puesto fin con la terminación de la guerra de la independencia en el Perú, pero mi entrevista en Guayaquil con el general Bolívar me convenció (no obstante sus protestas) que el solo obstáculo de su venida al Perú con el ejército de su mando no era otro que la presencia del general San Martín, a pesar de la sinceridad con que le ofrecí ponerme bajo sus órdenes con todas las fuerzas que yo disponía. Si algún servicio tiene que agradecerme la América, es el de mi retirada de Lima, paso que no sólo comprometía mi honor y reputación, sino que me era tanto más sensible cuanto que conocía que con las fuerzas reunidas de Colombia, la guerra de la independencia hubiera terminado en todo el año 23. Pero este honroso sacrificio, y el no pequeño de tener que guardar un silencio absoluto (tan necesario en aquellas circunstancias) de los motivos que me obligaron a dar ese paso, son esfuerzos que Ud. podrá calcular y que no está al alcance de todos poderlos apreciar.”

San Martín y Bolívar tuvieron personalidades diametralmente opuestas, de acuerdo a las descripciones de personas que los conocieron. En las memorias de funcionarios del gobierno de Bolívar, militares, historiadores contemporáneos y edecanes extranjeros cercanos a Bolívar, critican duramente la forma de ser de Bolívar. En la última parte de esta serie, transcribiré sus comentarios sobre Bolívar y San Martín, este último tiene menos críticos