La actitud de San Martín de retirarse de Perú y dejar a Bolívar para que él solo, enfrente las últimas batallas y logre la Independencia del resto de Perú con la batalla de Ayacucho en 1824, ha sido analizada por numerosos historiadores argentinos, chilenos y peruanos. Muchos de su época, la consideraron derrotista y humillante. No lograron entender la drástica decisión de San Martín. El Instituto Nacional Sanmartiniano de Argentina expresa su pensamiento sobre el tema, en el ensayo Lo esencial de la entrevista de Guayaquil:

Uno de los eventos más polémicos en la historia de América del Sur es la agenda tratada por Bolívar y San Martín durante los dos días de reuniones que tuvieron a puerta cerrada en Guayaquil. Como no hubo testigos, se desconoce el contenido de las conversaciones y acuerdos alcanzados.

Existen una carta de Bolívar a Santander, otra del Secretario de Bolívar al Ministro de Relaciones Exteriores de Colombia, una de Bolívar a Sucre y la polémica misiva del 29 de Agosto de 1822 de San Martín a Bolívar, publicada en 1843, veinte y un años más tarde, en la obra de Lafond de Lurcy, francés que vivió en Guayaquil durante la reunión de los dos personajes. La autenticidad de la carta de Agosto de 1822 ha sido cuestionada durante casi dos siglos. Los más prestigiosos historiadores sudamericanos del siglo XIX, XX y lo que va del XXI han estudiado detenidamente el contenido y emitido sus conclusiones. La mayoría afirma que es auténtica. El estudio más reciente es de Jorge Paredes, historiador peruano. La citada carta es polémica porque difiere notablemente de las demás, en ella San Martín critica a Bolívar en duros términos:

Al analizar los roles de Bolívar y San Martín en las reuniones que tuvieron lugar en Guayaquil entre el 26 y 27 de Julio de 1822, los estudiosos de este período consideran que Bolívar preparó la entrevista con antelación. Él se aseguró de llegar primero, ocupar la ciudad con sus tropas, destituir al Gobierno Provisorio de Olmedo y nombrarse Jefe Supremo. Todo esto lo hizo sin conocer la ciudad, ni a los guayaquileños, quienes conocían de él a través de escasas noticias publicadas por el periódico El Patriota de Guayaquil. San Martín se había embarcado para Guayaquil en Febrero, pero se regresó al Callao, al conocer que Bolívar no tenía planeado visitar Guayaquil por esa fecha.

Bolívar tuvo el poder de la palabra y la manejó para lograr sus objetivos. Por un lado expresaba admiración por sus adversarios y los hacía sentir importantes para ganarse la confianza, pero sus acciones autoritarias deslegitimaban sus intenciones. Al llegar a Puná, San Martín recibió una carta de Bolívar en la que le manifestaba:

Entre la llegada de Bolívar a Guayaquil y la de San Martin a Puná, transcurrieron aproximadamente dos semanas. Este último arribó en la goleta Macedonia el 25 de Julio de 1822, encontrándose a la llegada con Olmedo y comitiva, quienes habían tomado la decisión de salir de Guayaquil, por temor a represalias de Bolívar y tenían a Lima como destino. Tan pronto Bolívar conoció de su arribo le envió a dos de sus edecanes para acompañarlo a Guayaquil, al día siguiente.

El pueblo de Guayaquil recibió con entusiasmo a San Martín y un batallón apostado a lo largo del Malecón le hizo los honores. Bolívar lo esperaba y salió a su encuentro de gran uniforme, rodeado de su estado mayor, al pie de la escalera de la casa de Manuel Antonio Luzarraga, donde San Martín se hospedaría. Bartolomé Mitre, famoso historiador argentino del siglo XIX comenta: “Los dos grandes hombres de la América del Sur se abrazaron por primera y por última vez. “. Bolívar habría exclamado: “Al fin se cumplieron mis deseos de conocer y estrechar la mano del renombrado general San Martín”. Bolívar le presentó a todos sus generales, especialmente a Sucre, con quien San Martín había mantenido correspondencia.