En la segunda administración de Eloy Alfaro, hubo la misma falta de recursos económicos que en la primera. Los fondos provenientes del presupuesto no fueron suficientes para atender todas las necesidades. Para evitar que Alfaro entrara en descalabro financiero, los empresarios de Guayaquil nuevamente lo sacaron de apuros y le hicieron un préstamo que se cancelaría con la administración del puerto de Guayaquil. Fue una especie de concesión como las que se dan actualmente en países de economías emergentes. Alfaro se adelantó cerca de un siglo a las concesiones que tanto molestan a los socialistas del siglo XXI. Una vez más Alfaro aceptaba que el Estado es muy mal administrador.
En 1907, decidió conceder al sector privado el manipuleo y control de la carga de exportación e importación, que se hizo por medio de lanchas de particulares, debido a que en aquellos años, el muelle ya no funcionaba; evitándose así la evasión tributaria que existía hasta entonces.
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