Entre la llegada de Bolívar a Guayaquil y la de San Martin a Puná, transcurrieron aproximadamente dos semanas. Este último arribó en la goleta Macedonia el 25 de Julio de 1822, encontrándose a la llegada con Olmedo y comitiva, quienes habían tomado la decisión de salir de Guayaquil, por temor a represalias de Bolívar y tenían a Lima como destino. Tan pronto Bolívar conoció de su arribo le envió a dos de sus edecanes para acompañarlo a Guayaquil, al día siguiente.

El pueblo de Guayaquil recibió con entusiasmo a San Martín y un batallón apostado a lo largo del Malecón le hizo los honores. Bolívar lo esperaba y salió a su encuentro de gran uniforme, rodeado de su estado mayor, al pie de la escalera de la casa de Manuel Antonio Luzarraga, donde San Martín se hospedaría. Bartolomé Mitre, famoso historiador argentino del siglo XIX comenta: “Los dos grandes hombres de la América del Sur se abrazaron por primera y por última vez. “. Bolívar habría exclamado: “Al fin se cumplieron mis deseos de conocer y estrechar la mano del renombrado general San Martín”. Bolívar le presentó a todos sus generales, especialmente a Sucre, con quien San Martín había mantenido correspondencia.

Bolívar y San Martín tuvieron tres reuniones; la primera tan pronto terminaron los honores del recibimiento y las presentaciones de los militares y personas claves. Se quedaron solos y de pié, paseándose por el salón. La reunión duró noventa minutos. Mitre comenta:

”Bolívar parecía inquieto; San Martín estaba sereno y reconcentrado. Cerraron la puerta y hablaron sin testigos por el espacio de más de hora y media. Abrióse luego la puerta: Bolívar se retiró impenetrable y grave como una esfinge, y San Martín le acompañó hasta el pie de la escalera con la misma expresión, despidiéndose ambos amistosamente”

Ese mismo día, San Martín visitó a Bolívar y hablaron nuevamente a solas durante media hora.

Mitre analiza cómo se vieron estos dos titanes de la Independencia de nuestra región:

“La impresión que a primera vista produjo Bolívar en San Martín, fue de repulsión, al observar su mirar gacho, su actitud desconfiada y su orgullo mal reprimido. Tal vez leyó su propio destino en la mirada encapotada de su émulo, al encontrarse con otro hombre distinto del que se imaginaba a la distancia, y al chocar con una ambición con que no había contado. Sin embargo, lo penetró a través de su máscara. Bolívar, más lleno de sí mismo, miró a San Martín de abajo arriba, y sólo vio la cabeza impasible que tenía delante de sus ojos, sin sospechar las ideas que su cráneo encerraba, ni los sentimientos de su corazón. Vio simplemente en él un hombre sin doblez, un buen capitán que debía sus victorias más a la fortuna que a su genio. Así se midieron mentalmente estos dos hombres en su primer encuentro”.

Al día siguiente, el 27, San Martín ordenó embarcar el equipaje en su goleta y anunció que a la noche zarparía de Guayaquil, después de un gran baile en su honor. Seguramente el contenido de sus primeras dos reuniones no habían sido de su agrado. San Martín pensó que se encontraba en igual de condiciones que Bolívar. Pero como bien señala Mitre, las diferencias de poder eran superiores a favor de Bolívar:

“Antes de Pichincha, Bolívar, triunfante en el norte, era el más fuerte; después de Pichincha, era el árbitro y podía dictar sus condiciones de auxilio al sur. San Martín se hacía ilusión al pensar que era todavía uno de los árbitros de la América del Sur y al contar con que Bolívar compartiría con él su poderío político y militar y que ambos arreglarían en una conferencia los destinos de las nuevas naciones por ellos emancipadas, una vez terminada por el común acuerdo la guerra del Perú, como había terminado la de Quito. Sin más plan, se lanzó a la aventura de su entrevista con el Libertador, que debía decidir de su destino, paralizando su carrera. Si alguna vez un propósito internacional, librado a eventualidades futuras, fue claramente formulado, ha sido ésta; y si alguna vez se comprometieron declaraciones más avanzadas de orden trascendental sobre bases más vagas, fue también en ésta”.

San Martín se reunió en casa de Bolívar y encerrados solos permanecieron cuatro horas hablando en secreto. A las 5 de la tarde, sentábanse uno al lado del otro a la mesa de un espléndido banquete. Al llegar el momento de los brindis, Bolívar se puso de pie, invitando a la concurrencia a imitar su ejemplo, y dijo: “Por los dos hombres más grandes de la América del Sur: el General San Martín y Yo”. San Martín a su turno contestó modestamente, pero con palabras conceptuosas que parecían responder a una preocupación secreta: “Por la pronta conclusión de la guerra, por la organización de las diferentes repúblicas del continente, y por la salud del Libertador de Colombia”. Después del banquete, San Martín se retiró y trasladó a donde estaba hospedado. A las 21h volvió a salir para presentarse al baile promovido por el Cabildo.

Bolívar era gran bailarín y no perdía la oportunidad de mostrar sus habilidades con las mujeres. San Martín se mantuvo como espectador hasta la una de la madrugada en que se acercó a Guido, uno de sus representantes en Guayaquil y le manifestó que estaba listo para trasladarse al muelle y le hizo señal a Bolívar de que dejaría el baile, saliendo por una puerta secreta sin que los invitados se dieran cuenta.

Estando en Puná de regreso a Lima, San Martín comentó con los generales que lo acompañaron a Guayaquil:

“¡El Libertador nos ha ganado de mano! Mas espero que Guayaquil no será agregado a Colombia porque la mayoría del pueblo rechaza esa idea…”