El año de 1822 comenzó mal respecto a las relaciones de Bolívar con el Gobierno de Guayaquil. El 18 de Enero, Bolívar envió a Olmedo la siguiente comunicación:

“La copia que tengo el honor de incluir a V.E. manifiesta claramente los sentimientos del Señor Francisco Roca miembro de ese gobierno. Ella no solo hace creer que el Sr. Roca es un declarado enemigo del gobierno de Colombia sino que induce a conjeturar que lo es de la libertad de Guayaquil…llamar tunantes a los oficiales que pretenden a la incorporación de Guayaquil a Colombia, es mostrar ó que desconoce la verdadera debilidad de su país, o los derechos incontestables de Colombia…Guayaquil no puede ser un Estado independiente y soberano…Colombia no puede ni debe ceder sus legítimos derechos…en América no hay poder humano que pueda hacer perder a Colombia un palmo de la integridad de su territorio”

Bolívar conocía muy bien sobre la riqueza de Guayaquil, Olmedo tenía algún tiempo financiándole sus batallas en Colombia y en lo que quedaba de la Audiencia de Quito. Si había conseguido capitales guayaquileños sin facultades extraordinarias, más aun recibiendo éstas, como sucedió a partir de Agosto de 1822, subiría los impuestos y tomaría medidas fiscalistas para seguir financiando sus guerras. Incrementó los aranceles de importación y exportación, reinstituyó impuestos coloniales derogados después de la Independencia de Guayaquil. En el cacao, el arancel aumentó en 30%.

Entre el 11 y 31 de Julio de 1822, Guayaquil se convirtió en el sitio donde se definiría el destino de la ciudad y resultado de las guerras de la Independencia. Lo que sucedería en tan corto período tendría repercusiones trascendentales en Ecuador y países vecinos. El 11 de Julio de 1822, Bolívar llegó a Guayaquil. En cartas anteriores a Olmedo y Santander, había amenazado no pisar tierra guayaquileña si la bandera de Colombia no flambeaba en la ciudad. El 12, Bolívar recibió una comunicación firmada por 226 guayaquileños solicitando la anexión a Colombia y el 13, el Cabildo hace lo propio. La visita de Bolívar a Guayaquil fue básicamente para tomar posesión de la ciudad, como se manifiesta en su proclama del 15:

“ Guayaquileños! Terminada la guerra de Colombia ha sido mi primer deseo completar la obra del Congreso, poniendo las provincias del Sur bajo el escudo de la libertad, de la igualdad y de las leyes de Colombia…Solo vosotros os veíais reducidos a la situación más falsa, más ambigua, más absurda, para la política, como para la guerra. Vuestra posición era un fenómeno que estaba amenazando la anarquía; pero yo he venido, guayaquileños, a traeros la arca de salvación…¨

El Colegio Electoral, institución responsable en decidir el destino de Guayaquil fue convocado a cuatro sesiones: 28, 29, 30 y 31 de julio.

En carta del 22 de Julio de 1822, Bolívar escribió a Santander dándole un avance de cómo él veía la situación de los guayaquileños en relación a la anexión:

“…la junta de este gobierno, por su parte, y el pueblo, por la suya, me comprometieron hasta el punto de no tener otro partido que tomar, que el que se adoptó el día 13. No fue absolutamente violento, y no se empleó la fuerza, mas se dirá que fue al respeto de la fuerza que cedieron estos señores. Yo espero que la junta electoral que se va a reunir el 28 de este mes, nos sacará de la ambigüedad en que nos hallamos. Sin duda, debe ser favorable la decisión de la junta, y si no lo fuere, no sé aún lo que haré, aunque mi determinación está bien tomada, de no dejar descubierta nuestra frontera por el Sur, y de no permitir que la guerra civil se introduzca por las divisiones provinciales… Yo no iré a esa capital en todo este año, porque creo mi permanencia necesaria en el Sur contra los españoles del Perú, contra los intrigantes de Guayaquil y contra las pretensiones de límites; y también para hacer amar a Colombia, si es posible, por aquellos que no la aman, y para impedir que la aborrezcan sus partidarios”.

El 25, San Martín llegó a Puna para tener una reunión con Bolívar. Éste envió emisarios a darle la bienvenida y el 26, Bolívar lo recibió con honores en Guayaquil. En los dos días que San Martín estuvo con Bolívar, se reunieron en privado en dos ocasiones.(Cuando concluya esta serie de artículos sobre la anexión, iniciaré otra sobre la entrevista de Bolívar y San Martín). El 28 de Julio de 1822, después de terminar la primera sesión del Colegio Electoral, preocupado de su seguridad, por rumores de que Bolívar lo haría apresar, Olmedo tomó la decisión de no asistir al resto de las sesiones, se refugió en un barco extranjero y escribió a Bolívar la siguiente carta:

“Algunos me acusan de no haber tenido un voto pronunciado en la materia del día, sin atender a que, hallándome a la cabeza de este pueblo, mi carácter público exigía una circunspección bien rara que moderase el calor de los partidos interiormente…creo haber seguido en el negocio que ha terminado mi administración la senda que me mostraba la razón y la prudencia: esto es, no oponerse a las resoluciones de usted para evitar males y desastres al pueblo…sería precisa toda la filosofía de un estoico o la imprudencia de un cínico para ver el abuso que se ha hecho del candor de estos pueblos, obligándolos a decir que han sufrido bajo de nosotros un yugo más insoportable que el español…”

El 29, Bolívar envió una nueva comunicación a Santander para ponerlo al día sobre lo que sucedía en el Colegio Electoral:

“Hoy están tratando los de la junta electoral de esta provincia sobre su agregación a Colombia: creo que se hará, pero pretendiendo muchas gracias y privilegios. Yo, encargado del poder ejecutivo en esta parte, me encargaré de la provincia, dejando al soberano congreso, libre su soberana voluntad, para que salga del paso con su soberano poder. Aquí me servirá de algo la división de los poderes y las distinciones escolásticas concediendo la mayor, y negando la menor. Hemos logrado en estos días uniformar la opinión…”